Vila Nova de Milfontes está localizada ao longo da costa oeste do Oceano Atlântico, na margem norte do rio Mira, dentro do Parque Natural do Sudoeste Alentejano e Costa Vicentina. 

 

 

Vila Nova de Milfontes é dominada por um grande estuário e ecossistema, dominado pelo rio Mira, que abriga várias espécies de aves e vida marinha, além de javalis e raposas nos bosques circundantes.
Existem várias praias próximas às áreas urbanas que atraem turistas regularmente.