O atual edifício maneirista, de carácter monumental, harmonioso e simétrico, substituiu o primitivo complexo arquitetónico românico do séc. XII (1147), um Mosteiro do mesmo nome, mandado construir por D. Afonso Henriques em agradecimento pela conquista de Lisboa aos Mouros nesse mesmo ano.
Mandado erguer por Filipe II em 1582, a construção termina em 1629, tendo sido dirigida por Fillipo Terzi em colaboração com outros engenheiros e mestres de obras, possivelmente segundo modelo inicial atribuído ao arquiteto de Filipe II, Juan de Herrera, autor do Mosteiro de El Escorial (Madrid).
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