O programa do Museu Municipal de Arqueologia divide-se em dois módulos, o módulo da História da Cidade, que deverá ser implementado na Rua da Barbaçã e o módulo do Território, situado na antiga Casa do Governador, na Alcáçova do Castelo.
O MMA é composto por uma sala no piso térreo (Pré-História até à Idade do Ferro), uma sala no piso superior (Época Romana, Antiguidade Tardia e Período Árabe), bem como uma área expositiva no exterior, que se encontra apetrechado com um elevador, com o intuito de tornar o Museu e o Caminho de Ronda acessível a todos.
Com uma imagem contemporânea, quer no espaço físico quer no modelo expositivo, a renovada coleção integra alguns dos achados arqueológicos encontrados nos últimos tempos no concelho, bem como peças cedidas provenientes de coleções particulares.