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Museu da Região Flaviense insere-se num complexo monumental dos mais emblemáticos que compõem o centro histórico da cidade de Chaves - os Paços do Duque de Bragança, honrando desta forma a memória de D. Afonso, filho legítimo de D. João I, que casou com Du00aa Brites, filha do Condestável D. Nuno álvares Pereira.
Após o matrimónio, escolheu a então Vila de Chaves para residência onde mandou construir bem perto do castelo o seu palácio, cuja construção terá começado em 1410 e concluída em 1446.
Mais do que residência digna de um nobre era um pequeno albergue, e terra onde nasceram os seus três filhos.
Mais certezas temos relativamente à história mais recente do edifício. Sabe-se que em 1739 o Governador das Armas da Província de Trás-os-Montes, General Francisco da Veiga Cabral, mandou construir o edifício cuja fachada se volta para a actual Praça de Camões para aí instalar o quartel da Guarda Principal e a Prisão Militar.
Com funções militares que o edifício, com intervenções de diferentes autores e datas, vai atingir o porte monumental de hoje, com um largo portão encimado por trabalhosas e artísticas armas reais em pedra. Já possuiu mais um piso quando aí funcionaram as casernas de um regimento de infantaria, considerado depois inútil e inestético.
A ideia de criação do Museu remonta a 1929, aquando da passagem de Chaves de vila a cidade.
Nesse ano, a Comissão Administrativa da Câmara Municipal deliberou, na sessão ordinária de 18 de Maio, criar e eleger a Comissão Instaladora do Museu da Região Flaviense. Este grupo era constituído por distintas personalidades da cultura flaviense, nomeadamente, o Dr. Francisco de Barros, Dr. Adalberto Teixeira, Dr. António Júlio Gomes, Dr. Constantino Torres Vouga, Dr. padre António Cerimónias e o padre Manuel Pita.