A construção teve início em 1543, do
Colégio de São Tomás de Aquino de Coimbra. A traça do Colégio segue esquema de um claustro central, a partir do qual se organizavam todas as dependências pedagógicas e residenciais. No século XVIII, o andar superior do flanco nascente foi ampliado e renovado, recebendo novas janelas de avental e um varandim de aparato.
Com a extinção das Ordens Religiosas em 1834, o imóvel seria incorporado na Fazenda Pública, servindo de armazém de madeiras até à sua aquisição pelos Condes do Ameal. Logo em 1895, o arquitecto Silva Pinto procedia à readaptação do edifício a palacete residencial através de um plano revivalista neoclássico, enobrecido com a escultura de João Machado.