O Jardim Botânico ocupou uma secção considerável da cerca do Colégio de São Bento, entregue à Universidade pelos colegiais beneditinos e alvo de uma profunda intervenção durante a Reforma Pombalina, iniciada em 1774.

O Jardim Botânico ocupou uma secção considerável da cerca do Colégio de São Bento, entregue à Universidade pelos colegiais beneditinos e alvo de uma profunda intervenção durante a Reforma Pombalina, iniciada em 1774.

Em 1854, o engenheiro Pezerat apresentava o projecto para a actual estufa, construção concluída em 1865, e que marca o avanço tecnológico da utilização do ferro e do vidro na arquitectura em Coimbra.

Entre 1944 e 1949 foi construída a fonte do quadrado central, colocados bancos, edificada a estufa fria e renovados os acessos entre as várias secções do jardim e da mata.