Criado em abril de 2000 e renovado em 2003, 2006 e 2011, o Núcleo de Arqueologia situa-se no interior do Castelo da Vila, onde estão patentes exposições do património arqueológico do concelho de Alcoutim, que têm como fio condutor um percurso histórico que se iniciou há mais de 5.000 anos. Locais e objectos impregnados de uma memória milenar procuram transmitir culturas e saberes que, num passeio mais ou menos longíquo, se cruzam no território que é hoje Alcoutim.