O Palácio Nacional de Belém alberga, desde outubro de 2004, o Museu da Presidência da República, instalado nas antigas cocheiras do palácio. Este museu pretende ser um testemunho da vida e da obra dos vários presidentes da República Portuguesa e resulta de uma pesquisa e recolha exaustiva, ordenada pelo Dr. Jorge Sampaio. Pretende assim ilustrar o percurso de mais de 90 anos de regime republicano em Portugal, num esforço de aproximação e de esclarecimento do público.
O espaço museológico está organizado segundo uma lógica temática e cronológica, com recurso frequente às novas tecnologias da informação para criar um local em que a interatividade seja meio especial de diálogo entre o espólio e o utilizador. A exposição permanente, por exemplo, articula-se à volta de sete núcleos principais: República e Símbolos Nacionais (relacionado com a implantação deste regime em Portugal), República e seus Presidentes, Presentes de Estado, Os Presidentes da República (que inclui para além dos quadros a óleo de cada um dos 17 Chefes de Estado, objetos pessoais e vário acervo documental, político e biográfico de cada um deles), Palácio de Belém (visita virtual ao interior e jardins do palácio), Ordens Honoríficas e Poderes do Presidente, uma sala com pontos informáticos, onde o visitante pode aceder a informação relacionada com a presidência da república, em vários registos de linguagem e níveis de informação (do básico ao especializado).
O museu prima também pela oferta de uma extensa e importante programação cultural, em que se apresenta um misto de iniciativas culturais e atividades lúdicas, dirigidas a públicos com características diferentes, que vão dos ciclos de conferências aos cursos e até a uma aula virtual, a que é possível aceder através do website do museu. O museu da presidência da República possui um espaço para exposições temporárias, loja, auditório, cafetaria e esplanada.
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